Es gibt für die Bash zwei Konfigurationsdateien:

.bashrc (Terminal unter X)
.bash_profile (Konsole / Login-Shell)

Für die Konsolen wird die .bash_profile benutzt. Für ein Terminal unter X wird die .bashrc benutzt. Daher setzt man normalerweise seine Einstellungen in der .bashrc und sourced diese in der .bash_profile, in der dann meist nur folgende Zeile steht:

[ -f ~/.bashrc ] && . ~/.bashrc